دانشنامه فهرست موضوعی حاکم بر همه محتواهای پايگاه است. درختواره موضوعی اين بخش شامل همه موضوعات علوم اسلامی و انسانی است. موضوعات مهم اين درختواره عبارتند از:

پیامبر و اهل بیت(ع)، قرآن و علوم قرآنی، حدیث و علوم حديثی، فلسفه، کلام، خداشناسی، نبوت، امامت، معاد، فرق و مذاهب، ادیان، فقه، حقوق بشر، آزادی، حقوق کودک، اخلاق، عرفان عملی و نظری، تاريخ پیامبران، تاریخ اسلام، تاریخ ایران، جغرافیا، اقتصاد اسلامی، روانشناسی و تربیت، هنر، ادبیات، بهداشت و سلامت، ورزش، طب سنتی، جامعه و سیاست، سبک زندگی، فرهنگ و تمدن اسلامی.

در دانشنامه، با مرور درختواره موضوعات می توان علاوه بر آشنایی با مباحث و ریزموضوعات علوم اسلامی و انسانی، به انبوهی از مطالب مرتبط با هر موضوع دست یافت.

در حال حاضر قسمتی از محتواهای بخش های گنجينه معارف، مقالات مجلات، پرسش و پاسخ و مطالب کتاب ها به اين درختواره موضوعی متصل شده است. در آينده مطالب سایر بخش های پایگاه نيز به اين موضوعات منتسب خواهند شد.