سید مهدی قاضی طباطبایی از عالمانی بود که علی رغم زهد و تقوا و تبحرش در علوم مختلف، چهره مشهوری به شمار نمی رفت و این در حالی بود که علاوه بر ویژگی های اخلاقی و علمی، افتخار فرزندی یکی از بزرگترین عارفان و استاد بی بدیل نام آوران عرصه سلوک الی الله به نام آیت اله سید علی آقا قاضی طباطبائی(ره) را داشت.
وی نزد پدر بزرگوارش دوره هایی از فقه، مباحث اخلاقی و عرفان را آموخت و علاوه بر آن، چون ایشان در اسرار حروف، سرآمد روزگار به شمار می رفت، سید مهدی نیز این دانش و برخی علوم غریبه چون علم اعداد و اوفاق را نزد پدر به خوبی فراگرفت.
سید مهدی همزمان با بهره مندی از پدر فاضل و فرزانه خویش، محضر تنی چند از استادان حوزه نجف اشرف را نیز درک نمود و به درجه علمی بالایی دست یافت. در خوشنویسی نیز مهارت خاصی داشت و به ویژه در ثلث، استادی منحصر به فرد به شمار می رفت و کتیبه های اطراف کفشداری حرم حضرت امیرالمؤمنین(ع) همه به خط ایشان زینت یافته است.
وی در عراق تحت فشار سیاسی رژیم بعثی قرار گرفت و در سال ۱۳۵۴ هجری شمسی به اجبار، از عراق به ایران فرستاده شد و ناچار به چشم پوشی از خانه و زندگی در نجف اشرف گردید و به دلیل فشارهای سیاسی و اقتصادی که بر اثر اختناق بعثی ها در نجف اشرف بر وی وارد شد و همچنین آوارگی و تبعید، کسالت قلبی و ناراحتی در دستگاه گردش خون برایش پیش آمد و این بیماری چندین سال متوالی او را در رنج و زحمت انداخت. از سوی دیگر، بالارفتن سن و دوران سالخوردگی این عارضه را تشدید نمود و چون همسری اختیار نکرده بود، کسی نبود که مراقبت های لازم را از وی به عمل آورد تا اینکه حالش منقلب گشت و در سال ۱۳۵۹ هجری شمسی از این دنیا رخت بربست و پس از تشییع باشکوه، در یکی از حجره های حرم مطهر حضرت معصومه(س) به خاک سپرده شد.