تاریخ ولادت آیت الله شیخ محمد فاضل قاینی در حدود سال 1310 ه.ق. می باشد. زادگاه ایشان، روستای خرمنج، که اخیراً به پاس احترام معظّم له به «فضل آباد» تغییر نام داده شده، یکی از روستاهای حومه پسکوه شهرستان قائن در جنوب استان خراسان است. پدرشان، مرحوم آقا شیخ عبدالکریم بنی اسدی، از معمّرین آن دیار بوده و از علم و فضل بهره ای داشته است. وی همواره فرزند خویش را به فراگیری علوم و معارف حیات بخش اسلام ترغیب و راهنمایی می کرد.
اجداد مرحوم آیت الله فاضل، از طایفه بنی اسد می باشند. آنان بعد از دفن اجساد مطهر شهدای کربلا، از ترس تعقیب مأمورین ابن زیاد به ایران آمده و در اطراف شهرستان قائن سکن شدند و به جهت دفن شهدای کربلا، مورد تکریم و محبت سلاطین صفویه قرار گرفتند. در اولین سال های سلطنت شاه اسماعیل، او فرمان معافیّت این طایفه از مالیات را صادر کرد که سلاطین بعدی نیز از او تبعیّت نمودند.
وی پس از طی دوران کودکی و تربیت در محیط صمیمی خانواده و پرورش در دامان پک مادری مهربان و پدری فاضل، برای فراگیری خواندن و نوشتن به روستای مجاور (نوغاب پسکوه)، رهسپار شد و در محضر یکی از علمای عارف آن محل، به نام مرحوم ملاّ عبدالجواد، حاضر شد و شب و روز از فضل و دانش وی بهره مند گردید؛ به طوری که مرتّب سؤالات درسی خویش را از استاد می پرسید و از پاسخ های وی استفاده می نمود.
وی پس از به پایان رساندن دروس مقدماتی، به شهرستان قاین که بزرگانی نیز در آن اقامت داشتند، رفته و در مدرسه علمیه جعفریه مشغول تحصیل شد. پس از مدتی، دروس سطح را از استادان بزرگ آن دیار فرا گرفت و در اثنای این دوران به «فضل» معروف گردید و در همان حوزه نیز به تدریس اشتغال ورزید.
تقدیر الهی سبب شد معظّم له جوار مولا امیرالمؤمنین(ع) را برای اقامت دائم برگزید و در مدرسه بزرگ مرحوم آخوند خراسانی - که در «محله حویش» قرار داشت. - به تحصیل خود ادامه داد. عاقبت پس از سال ها تلاش و تحقیق و تدبّر در علوم و معارف اسلامی به مقام اجتهاد نایل گردید.
همسر ایشان، دختر آیت الله شیخ علی همدانی - نوه حاج آقا رضا همدانی، فقیه، مرجع تقلید و صاحب کتاب مصباح الفقیه - می باشد. ثمره این ازدواج چهار پسر و پنج دختر می باشد.
یکی از ویژگی های ایشان در حوزه و مجامع علمی، روش تدریس و بیان شیوای آن استاد فرزانه بود. تسلّط ایشان بر مسائل و مطالب علمی، ویژگی دیگری بود که سبب جذب طلاّب به مجلس درس ایشان می شد.
این دو عامل باعث شد که بیشتر وقت ایشان صرف تدریس شود و در این مدت شاگردان بسیاری از محضر ایشان استفاده کنند، که بسیاری از آنها از علمای بلاد و عده ای نیز از مدرّسین حوزه های علمی در شهرهای نجف، قم، مشهد و... هستند.
مرحوم آیت الله فاضل با مردم و شاگردان خود خوش رفتار بود؛ مخصوصاً برای جوانان، احترام زیادی قائل بود و به آنان علاقه داشت. به مسائل دینی افراد با تأنّی و حوصله تمام جواب می داد و هیچ احساس خستگی نمی کرد. در برآوردن حاجات مردم، سعی وافر داشت. هنگامی که برخی از طلاب غریب، احتیاج به سکونت در مدرسه داشتند و از ایشان می خواستند سفارش به متولّیان مدارس کند، بی تکلّف همراه آنان می رفت و واسطه می شد و برای آنان حجره تهیه می کرد و شهریه و مایحتاج ضروری زندگی آنان را، مخصوصاً در زمان مرحوم آیت الله سید ابوالحسن اصفهانی، که احترام زیادی به ایشان قائل بود، فراهم می کرد.
آیت الله فاضل قاینی از دانشمندانی به شمار می آید که در بارور کردن فرهنگ غنی اسلام سهم به سزایی داشته اند. وی در علوم مختلف، مانند: فقه، اصول و کلام، آثار فراوانی از خود به جای گذاشت ازجمله:
«الدرر النجفیة»، رساله ای در رضاع؛ رساله ای ارث؛ شرح استدلالی مختصر بر «عروةالوثقی»؛ شرح استدلالی مختصر بر تبصره علامه حلی(ره)، یک دوره علم اصول به نام «الؤلؤة الغرویّة»، کتابی بزرگ در علم کلام، رساله ای در مسأله ترتّب.
سرانجام پس از سال ها تلاش در راه اسلام و نشر احکام دینی، در روز جمعه، سیزدهم ربیع الاول سال یک هزار و چهارصد و پنج هجری قمری در ساعت سه بعد از ظهر، در شهر قم روحش به سوی حضرت حق پرواز نمود و بعد از تشییع و گزاردن نماز به وسیله حضرت آیت الله حاج سیّد محمد شاهرودی، در قبرستان باغ بهشت قم، در قطعه معروف به مقبره علما، دفن گردید.
جستجو در قاموس نور